BTRC E3 ubikitiiniligaasi (Suositeltu nimi: F-box/WD repeat-containing protein 1A)

 https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=BTRC&keywords=BTRC

Aliases for BTRC Gene

• GeneCards Symbol: BTRC ²
• Beta-Transducin Repeat Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase ^{2 3 5}
• FBXW1A ^{2 3 4 5}
• Beta-TrCP1 ^{2 3 5}
• BetaTrCP ^{2 3 5}
• BTrCP1 ^{2 3 5}
• BTrCP ^{2 3 5}
• F-Box And WD Repeats Protein Beta-TrCP ^{3 4}
• F-Box/WD Repeat-Containing Protein 1A ^{3 4}
• PIkappaBalpha-E3 Receptor Subunit ^{3 4}

• Epididymis Tissue Protein Li 2a ^{3 4}
• E3RSIkappaB ^{3 4}
• FBW1A ^{3 4}
• Fwd1 ^{2 5}
• Beta-Transducin Repeat Containing ²
• F-Box And WD-Repeat Protein 1B ³
• BETA-TRCP ³
• FBXW1 ³
• BTRCP ⁴
• FWD1 ³

External Ids for BTRC Gene

NCBI Gene Summary for BTRC Gene

• This gene encodes a member of the F-box protein family which is characterized by an approximately 40 amino acid motif, the F-box. The F-box proteins constitute one of the four subunits of ubiquitin protein ligase complex called SCFs (SKP1-cullin-F-box), which function in phosphorylation-dependent ubiquitination. 

  The F-box proteins are divided into 3 classes: 
  Fbws containing WD-40 domains, 
  Fbls containing leucine-rich repeats (LRRs) , and
   Fbxs containing either different protein-protein interaction modules or no recognizable motifs. 

  The protein encoded by this gene belongs to the Fbws class; in addition to an F-box, this protein contains multiple WD-40 repeats.

   The encoded protein mediates degradation of CD4 via its interaction with HIV-1 Vpu. 

   It has also been shown to ubiquitinate phosphorylated NFKBIA (nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha), targeting it for degradation and thus activating nuclear factor kappa-B. Alternatively spliced transcript variants have been described. A related pseudogene exists in chromosome 6. [provided by RefSeq, Mar 2012]

   (Kommentti: Huomaa, että  HIV kuuluu  mRNA retroviruksiin ja se herättää kehosta anti-retroviruspuolustuksen, johon kuuluu valtava määrä erilaisia proteiineja. Osa niistä , jotka pystyisivät vastustamaan  retroviruksia, ovat  sammuneita geenejä ns pseudogeenejä , mutta osa viriää ja tuottaa proteiineja, sillä  retroviruksella on kaikilla paljon työkaluproteiineja mukanaan geneettisestä materiaalistaan.   Tämä  geeni alkaa tuottaa   proteiinia  HIV-viruksen vpu nimistä  työkalua  vastaan, ja koska se on kehovieras, se koetetaan hävittää, mutta ihmisesolun  autofagia ei näytä täydellisesti tuhoavan tätä,  vaan jotain  sakkaa jää.  On vain niin, että  tietämys  antiretroviraalisten infektioagenssien  vastaisesta ihmiskehon luonnollisen immuniteetitn järjestelmästä   on laajaa kartoitustyötä.  Kuinka paljon proteosomi varsinaisesti pystyy tuhoamaan, sitä kuka tietää kun ei edes tiedetä niistä kaiksita  puolustavista  järjestelmistä.  Tämän talkia on HYVIN tärkeä vain syödä kunnolla ja antaa omalle keholle energiaa ja ravinteita, sillä kehossa saattaa olla jotakin  joka pystyisi puhdistamaan  myös retroviruksista.  Eläimillä  tällaiset järjestelmät toimivat paremmin ja  retrovirukset ovat ihmisten ongelma). Olennaista on  koettaa  ottaa selville kaikkia ihmiskehon mahdollisia puolustusjärjestelmiä, sillä tiedemiehillä on jo valtava arsenaali tietoa saatavilla olevissa tietueissa. Nuorten lääkärienkin kannattaisi erottaa muutama tunti viikosta vain näitten uusien geenien ja proteiinikompleksien  funktion selvittelyyn valmiista kirjallisuudesta.  Esim siten, että  opiskelijat saavat projektitehtävänään jatkuvasti ammentaa esiin näitä  geenitietoja ja piirtää karttoja niistä ja sitten  kokoontua kertomaan toisilleen  seminaareissa  löydöistä- valmiiden luentojen lisäksi- Lääkieteellinen tieto puolittuu viidessä vuodessa - kirjoista ammennettu.  Chalmersilaisen lehtorimme  neuvomissa dietieteille tarkoitetuissa  pikkuprojekteissa oli aina  rajoituksen  säädöt esim. saatiin esittää vain yhdellä konekirjoitussivulla  jokin vieras aineryhmä lähteineen.   Ylitän tässä blogissani näitä rajoitussääntöjä, koska pidän tätä  omana muistiinpanoblogina vihkon ohella , jos nyt joku sattuu eksymään sivulle niin  tämä voi vaikuttaa   turhauttavan  monisanaiselta. Ennen koronaa olin katsonut  jo luetteloina  listoja: TRIM,  APOBEC, RNF ja ZNF proteiiniryhmät , proteoosomaalinen järjestelmä, ERAD, UPR, ERGIC, KELCH protiinit, E1-E2- E3 ubikitiinit käsittelevät entsyymit, proteosomaalinen järjestelmäja deubikitinaasit (DUB), jotak irrottavat ubikitiinia. Muta listojen lisäksi  en saanut monestakaan vielä kokoon karttaa niiden  proteiiniinteraktioista funktiotasossa. Miten ne käsittelevät proteiineja ( viallisia,  tai  onnistuneita, oikeasti laskostuneita,joiden täytyy päästä oikeille paikoilleen   ja miten ne johdattavat lopulta  hajoitettavat  proteiinijätteen proteosomaaliseen silppuriin tai  muihin  hajoitussuuntiin. Autofagia on yksi tie, joka johtaa lysosomaalisen  proteiinin  sulattamiseen alkutekijöikseen, joita  voidaan hyödyntää).  Tämä on kovaa taistelua ihmisen ja ihmisen viholliseen välillä solutasossa, joka ei näy silmälle). https://www.mdpi.com/1422-0067/22/16/8544
  

GeneCards Summary for BTRC Gene

BTRC (Beta-Transducin Repeat Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase) is a Protein Coding gene. Diseases associated with BTRC include Isolated Split Hand-Split Foot Malformation and Vaccinia. Among its related pathways are Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation and MyD88 dependent cascade initiated on endosome. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include ligase activity and protein dimerization activity. An important paralog of this gene is FBXW11.

UniProtKB/Swiss-Prot Summary for BTRC Gene

Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. Recognizes and binds to phosphorylated target proteins (PubMed:10066435, 10497169, 10644755, 10835356, 11238952, 11359933, 11994270, 12791267, 12902344, 14603323, 14681206, 14988407, 15448698, 15917222, 16371461, 25503564, 25704143, 9859996, 22087322). SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of CTNNB1 and participates in Wnt signaling (PubMed:12077367, 12820959). SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of phosphorylated NFKB1, ATF4, CDC25A, DLG1, FBXO5, PER1, SMAD3, SMAD4, SNAI1 and probably NFKB2 (PubMed:10835356, 11238952, 14681206, 14603323). SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of NFKBIA, NFKBIB and NFKBIE; the degradation frees the associated NFKB1 to translocate into the nucleus and to activate transcription (PubMed:10066435, 10497169, 10644755). Ubiquitination of NFKBIA occurs at 'Lys-21' and 'Lys-22' (PubMed:10066435). SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of CEP68; this is required for centriole separation during mitosis (PubMed:25704143, 25503564). SCF(BTRC) mediates the ubiquitination and subsequent degradation of nuclear NFE2L1 (By similarity). Has an essential role in the control of the clock-dependent transcription via degradation of phosphorylated PER1 and PER2 (PubMed:15917222). May be involved in ubiquitination and subsequent proteasomal degradation through a DBB1-CUL4 E3 ubiquitin-protein ligase. Required for activation of NFKB-mediated transcription by IL1B, MAP3K14, MAP3K1, IKBKB and TNF. Required for proteolytic processing of GLI3 (PubMed:16371461). Mediates ubiquitination of REST, thereby leading to its proteasomal degradation (PubMed:21258371, 18354482). SCF(BTRC) mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of KLF4; thereby negatively regulating cell pluripotency maintenance and embryogenesis (By similarity). ( FBW1A_HUMAN,Q9Y297 )

Protein attributes for BTRC Gene

Size: 605 amino acids Molecular mass:68867 Da

Quaternary structure:

• Homodimer.
  Self-associates.
  Component of the SCF(BTRC) complex formed of CUL1, SKP1, RBX1 and a BTRC dimer.
  Direct interaction with SKP1 occurs via the F-box domain.
  Interacts with phosphorylated ubiquitination substrates SMAD3 and SMAD4.
  Interacts with phosphorylated ubiquitination substrates CTNNB1, NFKBIA, NFKBIB, NFKBIE, NFKB1/nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit, ATF4, CDC25A, DLG1, FBXO5 and SNAI1; the interaction requires the phosphorylation of the 2 serine residues in the substrate destruction motif D-S-G-X(2,3,4)-S.
  Binds UBQLN1.
  Interacts with CDC34 and UBE2R2.
  Interacts with FBXW11.
  Interacts with CUL4A and DDB1.
  Part of a SCF(BTRC)-like complex lacking CUL1, which is associated with phosphorylated NKBIA and RELA; RELA interacts directly with NFKBIA.
  Interacts with the phosphorylated form of GLI3.
  Interacts with CLU.
  Interacts with PER1 (phosphorylated), PER2 (phosphorylated) and PER3.
  Interacts with phosphorylated ubiquitination substrate CEP68 (PubMed:25704143, 25503564).
  Interacts with ZC3H12A; this interaction occurs when ZC3H12A is phosphorylated in a IKBKB/IKKB-dependent manner (By similarity).
  Interacts with HSF1; this interaction occurs during mitosis and induces HSF1 ubiquitin-dependent degradation, a process inhibited by CDC20 (PubMed:18794143).
  Interacts with NFE2L1 (By similarity).
  Interacts with INAVA (PubMed:29420262).
  Interacts with IL10RA; this interaction leads to IL10RA ubiquitination and subsequent degradation (PubMed:22087322).
  Interacts with REST (PubMed:18354482).
  Interacts with KLF4; this interaction leads to KLF4 ubiquitination and subsequent degradation (By similarity).Kruppel-Like Factor 4 (Gut)
• (Microbial infection) Interacts with vaccinia virus A49; this interaction inhibits NF-kappa-B activation.
• (Microbial infection) Interacts with HIV-1 Vpu.

Function:

• Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins.
  Recognizes and binds to phosphorylated target proteins (PubMed:10066435, 10497169, 10644755, 10835356, 11238952, 11359933, 11994270, 12791267, 12902344, 14603323, 14681206, 14988407, 15448698, 15917222, 16371461, 25503564, 25704143, 9859996, 22087322).
  SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of CTNNB1 and participates in Wnt signaling (PubMed:12077367, 12820959). (Kts. KARTTA alla*)
  SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of phosphorylated NFKB1, ATF4, CDC25A, DLG1, FBXO5, PER1, SMAD3, SMAD4, SNAI1 and probably NFKB2 (PubMed:10835356, 11238952, 14681206, 14603323).
  SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of NFKBIA, NFKBIB and NFKBIE; the degradation frees the associated NFKB1 to translocate into the nucleus and to activate transcription (PubMed:10066435, 10497169, 10644755).
  Ubiquitination of NFKBIA occurs at 'Lys-21' and 'Lys-22' (PubMed:10066435).
  SCF(BTRC) mediates the ubiquitination of CEP68; this is required for centriole separation during mitosis (PubMed:25704143, 25503564).
  SCF(BTRC) mediates the ubiquitination and subsequent degradation of nuclear NFE2L1 (By similarity).
  Has an essential role in the control of the clock-dependent transcription via degradation of phosphorylated PER1 and PER2 (PubMed:15917222).
  May be involved in ubiquitination and subsequent proteasomal degradation through a DBB1-CUL4 E3 ubiquitin-protein ligase.
  Required for activation of NFKB-mediated transcription by IL1B, MAP3K14, MAP3K1, IKBKB and TNF.
  Required for proteolytic processing of GLI3 (PubMed:16371461).
  Mediates ubiquitination of REST, thereby leading to its proteasomal degradation (PubMed:21258371, 18354482).
  SCF(BTRC) mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of KLF4; thereby negatively regulating cell pluripotency maintenance and embryogenesis (By similarity). FBW1A_HUMAN,Q9Y297

Molecular function for BTRC Gene according to GENATLAS

Biochemistry:

• beta transducin repeat containing protein,interacting with HIV Vpu to trigger the destruction of CD4 in the endoplasmic reticulum BTRC

 https://www.rndsystems.com/pathways/wnt-signaling-pathways-beta-catenin-dependent-wnt-signaling

(Tässä on kartta *Wnt-signaloinnista)  Muistiin 4.7.2023